Die Nationalsozialisten erheben auch gegenüber den christlichen Kirchen ihren weltanschaulichen Führungsanspruch. Einzelne evangelische Geistliche und Gemeindemitglieder widersetzen sich den Absichten der nationalsozialistischen "Deutschen Christen". Nur wenige Pfarrer nehmen im Laufe der Jahre eine grundsätzliche Gegnerschaft zum Nationalsozialismus ein. Viele Katholiken stehen den neuen Machthabern distanziert gegenüber und hoffen, dass das Konkordat mit dem Vatikan im Juli 1933 die Eigenständigkeit ihrer Kirche sichert. Während des Krieges werden Hunderte von Geistlichen in Konzentrationslagern gefangengehalten, mit Predigtverboten belegt oder unter Hausarrest gestellt. Auch Angehörige kleiner Glaubensgemeinschaften wie der Zeugen Jehovas oder der Quäker widersetzen sich dem weltanschaulichen Führungsanspruch der Nationalsozialisten. Evangelische Christen, die sich politisch gegen das NS-Regime wenden, schöpfen ihre Kraft aus Glaubensprinzipien, ohne auf die Unterstützung ihrer Kirche hoffen zu können. Hitlers Befehl vom Herbst 1939, Patienten in Heil- und Pflegeanstalten zu ermorden, erregt Widerspruch von einzelnen Bischöfen, Geistlichen und Gläubigen.